基础设施不足
农村地区的基础设施建设相对落后，尤其是在污水处理方面。许多农村地区缺乏完善的排水系统，导致生活垃圾和污水直接排放到河流、湖泊或者土壤中，对环境造成严重破坏。此外，由于财政投入有限，大多数农村只能依赖简单的手工方法进行处理，如自然降解或自建的小型化妆池，这些方法在效率上远远不能满足日益增长的人口排泄物。
技术和管理水平低下
技术装备老旧，操作人员缺乏专业知识和培训，使得污水处理效率低下。在一些偏远乡镇，甚至没有专门负责污水处理工作的人员，不仅无法保证每天的清理工作，而且无法及时应对突发事件，比如洪灾等自然灾害会导致大量废弃物堆积不良。
环境意识差异
部分农民对于环境保护意识不足，对待个人卫生习惯差，在生活中产生了大量垃圾，并且随意倾倒在田地里或河流旁。这些行为不仅违反了国家环保法规，也加剧了农业生产环境的恶化。例如，一些养殖场未能有效控制粪便排放，从而引起土壤肥力下降，影响作物生长质量。
政策执行力度不够
虽然政府已经出台了一系列关于城乡一体化、农业面源污染治理等政策，但在实施过程中仍然存在一定困难。大多数政策都是针对城市而非乡村制定的，因此如何将这些政策适应于复杂多变的乡村环境成为一个挑战。此外，由于监管力量有限，对于违法乱象进行监督检查也变得更加困难。
经济成本高昂
投资建设现代化污水处理设备需要较大的经济投入，而很多小规模经营者由于资金短缺无法承担这笔费用。即使有资金，也可能因为市场需求不大、回报周期长而犹豫是否投资。此外，即使是拥有设备的大型企业，其运营成本也很高，加之能源价格波动以及维护修理费用，这些都给予企业带来了巨大的经济压力。
